Sinopsis Dragonaut: The Resonance/ドラゴノーツ-ザ・レソナンス-/Dragonaut – The Resonance: Dua puluh tahun sebelum cerita dimulai, sebuah asteroid menuju Bumi menghancurkan Pluto. Akibat kehancuran Pluto, asteroid yang dijuluki Thanatos itu menjadi stagnan untuk sementara waktu. Sekarang, untuk menghindari kehancuran Bumi yang akan datang, Badan Pengembangan Tata Surya Internasional (ISDA) mengerjakan “Proyek D”, dan menciptakan “Dragonnaut” setelah menemukan telur naga di bawah laut. Tujuan utama senjata ini adalah untuk menghancurkan asteroid ketika saatnya tiba. Namun, mereka segera mengetahui bahwa asteroid bukanlah satu-satunya ancaman mereka, karena makhluk mirip naga yang kuat, yang bertekad menghancurkan, muncul di Bumi.
Setelah menyaksikan pembunuhan salah satu makhluk tersebut, Jin Kamishina, seorang anak laki-laki kesepian berusia 18 tahun yang kehilangan keluarganya dalam kecelakaan pesawat ulang-alik dua tahun lalu, terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot terpilih dari Dragonaut. Membantu dia dalam perjalanannya adalah Toa, seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari jatuh hingga mati setelah makhluk itu menyerangnya. Saat mereka semakin mendalami misteri naga, mereka bertemu teman dan musuh baru, dan juga mulai mengembangkan hubungan yang lebih dekat.
