Sinopsis Grisaia no Kajitsu/Le Fruit de la Grisaia/グリザイアの果実/The Fruit of Grisaia: Yuuji Kazami adalah murid pindahan yang baru saja diterima di Akademi Mihama. Dia ingin menjalani kehidupan sekolah menengah biasa, tapi impiannya ini mungkin tidak akan terwujud dalam waktu dekat karena Akademi Mihama justru sebaliknya. Hanya terdiri dari kepala sekolah dan lima siswa lainnya, semuanya perempuan, Yuuji berkenalan dengan mereka masing-masing, mengetahui lebih banyak tentang kepribadian mereka karena sosialisasi tidak bisa dihindari. Perlahan-lahan, dia mulai belajar tentang kebenaran di balik sekelompok kecil siswa yang menempati akademi tersebut—mereka masing-masing memiliki pengalaman traumatis yang berbeda-beda yang tersembunyi dari dunia.
Akademi Mihama bertindak sebagai rumah bagi gadis-gadis ini, mereka adalah “buah” yang jatuh dari pohonnya dan mulai membusuk. Terserah Yuuji untuk menjadi katalis untuk menyelamatkan mereka dari diri mereka sendiri, tapi bagaimana dia bisa menyelamatkan orang lain ketika dia bahkan tidak bisa menyelamatkan dirinya sendiri?
