Sinopsis Kamen Rider: Gotchard: Alkimia adalah ilmu semu yang berupaya menciptakan emas dari berbagai kombinasi berbeda. Salah satu eksperimen untuk melakukan hal tersebut secara artifisial menghidupkan ras makhluk yang dikenal sebagai Chemies, yang dibuat untuk meniru makhluk-makhluk yang ada di dunia, seperti belalang. Disimpan di Ride Chemy Cards, secara tidak sengaja dilepaskan semuanya sekaligus.
Houtarou Ichinose dipercayakan dengan Gotchadriver dan misi untuk mengumpulkan kembali Chemies. Beberapa ramah, dan Houtarou bisa bergabung dengan mereka untuk berubah menjadi Kamen Rider Gotchard. Namun, jika dipengaruhi oleh kejahatan manusia, mereka mungkin akan melahirkan monster yang dikenal sebagai Malgam. Ini adalah kisah yang mengeksplorasi sifat baik dan jahat, yang merupakan dua sisi dari mata uang yang sama.
