Sinopsis Macross F/マクロスF（フロンティア）/Macross Frontier: Setelah perang dahsyat melawan ras raksasa yang dikenal sebagai Zentradi, umat manusia melarikan diri menuju pusat galaksi dengan menaiki armada kapal kolonial yang disebut Macross Frontier. Ketika ancaman dari luar bumi semakin tertinggal, kehidupan di Macross Frontier berjalan seperti biasa.
Pada tahun 2059, seorang pilot mecha muda bernama Alto Saotome dan rekan-rekannya bersiap untuk melakukan rutinitas pengiring penyanyi terkenal Sheryl Nome, yang datang ke Macross Frontier untuk konser. Selama pertunjukan, spesies alien biomekanik yang dikenal sebagai Vajra muncul secara tiba-tiba, menerobos batas pertahanan yang mengelilingi kapal dan mendarat darurat di dekat tempat konser, membuat seluruh kota menjadi kacau. Saat penonton konser mengungsi, seorang gadis muda bernama Ranka Lee tertinggal dan menjadi sasaran Vajra, namun dia diselamatkan pada menit terakhir oleh Alto. Setelah kejadian ini, program Layanan Militer Strategis mencatat keahlian Alto dalam pertempuran, sehingga dia direkrut untuk memerangi ancaman alien baru.
