Sinopsis Kidou Senshi Gundam Unicorn/Mobile Suit Gundam UC/機動戦士ガンダムUC（ユニコーン）/Mobile Suit Gundam Unicorn: Pada tahun Universal Century 0096, tiga tahun setelah upaya gagal Char Aznable untuk memaksa migrasi manusia ke luar angkasa, kehidupan terus berlanjut di koloni yang mengorbit Bumi. Salah satu koloni tersebut, di Side 4, adalah rumah bagi Banagher Links, seorang remaja berusia 16 tahun yang menjalani kehidupan tenang di antara teman-teman sekelasnya.
Audrey Burne, keturunan terakhir dari keluarga tirani yang besar, mengambil tindakan untuk mencuri kunci perangkat misterius yang dikenal sebagai “Kotak Laplace”. Dikatakan bahwa Kotak memiliki kekuatan untuk membentuk jalannya alam semesta, dan Audrey melakukan perjalanan ke Sisi 4 dalam upaya untuk mengambilnya dari pemegangnya saat ini dan menjaganya dari Lengan, sisa-sisa Neo-Zeon Char Aznable yang masih hidup. Dalam pencariannya, dia menemukan Banagher dan mengubah hidupnya selamanya.
Ketika Side 4 diserang oleh Sleeves dan petarung produktifnya Marida Cruz dan Full Frontal, Banagher mengambil kendali Gundam Unicorn yang baru dibangun untuk membela teman-temannya dan melindungi nasib umat manusia.
