Sinopsis NieR:Automata Ver1.1a Part 2/NieR:Automata Ver1.1a 第2クール/NieR:Automata Ver1.1a (Cour 2): Saat perang mesin berlangsung, Komando YoRHa dan Perlawanan bersiap untuk serangan terakhir yang menentukan terhadap “Machine Lifeforms”, robot militer yang berkeliaran di permukaan bumi. Selagi persiapan sedang berlangsung, YoRHa 9-gou S-gata “9S” dan YoRHa 2-gou B-gata “2B” melanjutkan misi pengintaian tingkat lanjut mereka. Namun 9S dan 2B berjuang dengan perannya masing-masing, kesetiaannya satu sama lain, dan kesetiaannya terhadap Komando.
Meskipun Adam dan Hawa yang jahat telah dikalahkan, tampaknya mesin-mesin tersebut tidak kalah pentingnya. Kehadiran yang tidak menyenangkan dalam bentuk “Gadis Merah” terus mengamati android dari jauh, menunggu kesempatan sempurna untuk menyerang mereka.