Sinopsis Fullmetal Alchemist: The Sacred Star of Milos/Fullmetal Alchemist: Milos no Seinaru Hoshi/Fullmetal Alchemist Movie 2/Hagane no Renkinjutsushi Movie 2/FMA Movie 2/劇場版 鋼の錬金術師 嘆きの丘(ミロス)の聖なる星/Fullmetal Alchemist: The Sacred Star of Milos/Fullmetal Alchemist: The sacred Star of Milos/Fullmetal Alchemist: La Estrella Sagrada de Milos/Fullmetal Alchemist: L'Étoile Sacrée de Milos: Mengejar alkemis yang melarikan diri dengan kekuatan aneh, Edward dan Alphonse Elric bersaudara tersandung ke lembah kumuh Milos. Milosia adalah kelompok tertindas yang berupaya merebut kembali tanah suci mereka dari Kreta: sebuah negara militeristik yang secara paksa mencaplok negara mereka. Di tengah badai politik adalah seorang gadis bernama Julia Crichton, yang dengan tegas berharap agar Milos mendapatkan kembali kekuatan mereka dan kembali menjadi negara yang damai.
Berteman dengan gadis itu, Edward dan Alphonse mendapati diri mereka berada di tengah meningkatnya perlawanan yang melibatkan penggunaan benda yang selama ini mereka cari—Batu Bertuah. Namun, pengalaman masa lalu mereka dengan batu tersebut membuat mereka ragu, dan saudara-saudara tersebut tidak bersedia membantu.
Namun ketika mereka menemukan rahasia di balik niat Creta dan sejarah yang dipertanyakan, saudara-saudara terlibat dalam pertempuran antara Milos yang memberontak, yang menginginkan kebebasan mereka, dan militer Kreta, yang mencari kekuasaan absolut.