Sinopsis Pokemon Movie 16: Shinsoku no Genosect – Mewtwo Kakusei/Gekijouban Pocket Monsters Best Wishes 2: Shinsoku no Genosect, ExtremeSpeed Genesect: Mewtwo Awakens/劇場版 ポケットモンスター ベストウイッシュ 神速のゲノセクト ミュウツー覚醒/Pokémon the Movie: Genesect and the Legend Awakened/Pokémon Film 16: Genesect und die wiedererwachte Legende/Pokémon Película 16: Genesect y el Despertar de una Leyenda/Pokémon Film 16: Genesect et L'Éveil de La Légende: Tanah air Genesect sudah tidak ada lagi. Setelah tiga ratus juta tahun, pegunungan bersalju tempat tinggal Pokémon Paleozoikum tidak lagi dapat dihuni—tetapi tidak semua rasnya benar-benar punah. Beberapa spesimen masih hidup dan putus asa mencari tempat baru untuk dijadikan rumah. Dipimpin oleh Shiny Genesect dan ditemani oleh Pokémon Legendaris Mewtwo, makhluk gelandangan itu tiba di New Tork City.
Merasakan cakrawala kota mirip dengan habitat aslinya, Genesect mengambil alih pusat kota, mengusir Pokémon lain dan mengancam keberadaan penduduk setempat. Selain itu, pemimpin Genesect menghadapi Mewtwo dalam duel licik dan cepat yang pasti akan menghancurkan seluruh kota—dan Satoshi dan rekan-rekannya harus menyelamatkan kota dan mendamaikan Pokémon yang bertikai.
