Sinopsis Grisaia no Rakuen/Le Eden de la Grisaia/グリザイアの楽園/The Eden of Grisaia/L’Eden de la Grisaia: Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir angsuran sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai karena terorisme. Sebuah video yang menunjukkan bukti konkret bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan ia ditahan oleh Ichigaya.
Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhnya. Tetapi dia gagal untuk membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan yang mereka miliki. Faktanya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji …
Tetapi semua mungkin tidak hilang untuk Yuuji. Gadis -gadis dari Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan tidak ada sosok baru yang misterius yang muncul di hadapan mereka.
