Sinopsis Seikon no Qwaser/聖痕のクェイサー/The Qwaser of Stigmata: Ketika ayah Tomo Yamanobe—mantan kepala sekolah Akademi Saint Mikhailov—menghilang, dia tidak meninggalkan apa pun kecuali sebuah karya seni yang disebut “ikon”. Segera setelah dia menghilang, rumor tentang seorang pembunuh berantai yang menyerang siswi akademi mulai menyebar.
Saat Tomo dan adiknya Mafuyu Oribe pulang ke rumah setelah disiksa di sekolah, Tomo tersandung seorang anak laki-laki berambut perak yang terluka yang tiba-tiba menghilang saat sedang dirawat. Mafuyu pergi mencarinya, hanya untuk menemukan bahwa gereja yang menyimpan ikon tersebut terbakar. Ketika dia mencoba menyelamatkan lukisan itu, pembunuh berantai yang dirumorkan tiba-tiba menyerangnya dengan kemampuan misterius untuk mengendalikan magnesium. Muncul entah dari mana, anak laki-laki berambut perak, yang bisa mengendalikan besi, menyelamatkan Mafuyu.
Mafuyu mengetahui bahwa anak laki-laki tersebut, bernama Alexander Nikolaevich “Sasha” Hell, adalah seorang “qwaser”—makhluk yang mampu mengendalikan suatu elemen melalui kekuatan “soma”, yang diterima melalui tindakan menyusui. Bingung dengan cobaan tersebut, Mafuyu mencoba untuk melewatinya dengan sedikit keberuntungan, saat Sasha pindah ke kelasnya keesokan harinya. Apa yang akan terjadi dengan kehidupan sekolah Tomo dan Mafuyu yang normal jika bahaya qwaser lain mengancam mereka?