Sinopsis Seikon no Qwaser II/聖痕のクェイサー II/The Qwaser of Stigmata II: Sasha berpasangan dengan Hana sebagai Maria barunya. Mereka menyusup ke akademi khusus perempuan, memaksa Sasha melakukan crossdress, untuk mencari artefak terkait Qwaser yang disebut Magdalena of Thunder yang muncul di salah satu siswa. Namun, mereka memiliki persaingan dalam pencariannya.
