Sinopsis Spy Kyoushitsu 2nd Season/Spy Room 2/スパイ教室/Spy Classroom Season 2: Empat anggota tim mata-mata Republik Din, Lamplight, memulai misi untuk menangkap mata-mata musuh. Meskipun mereka kesulitan untuk bekerja sama karena kepribadian mereka yang berbenturan, Thea, Monika, Erna, dan Annett berhasil mencapai tujuan mereka. Sambil menikmati istirahat sejenak, keempat gadis itu bertemu dengan seorang wanita bernama Matilda, yang mengaku sebagai ibu Annett. Saat mereka mengenal Matilda, tim tersebut terseret ke dalam konflik yang semakin meningkat yang menguji kerja tim dan kesetiaan mereka.
Sementara itu, anggota Lamplight yang tersisa menyadari bahwa pasukan yang dikirim belum melaporkan kembali. Khawatir dengan sekutu mereka, Klaus dan Lily melakukan ekspedisi darurat untuk menemukan rekan satu tim mereka yang hilang. Ketika keduanya mengungkap informasi meresahkan tentang meningkatnya ketegangan di daerah tempat teman-teman mereka terakhir kali berada, mereka harus bertindak cepat untuk menyusun kembali tim sebelum misi mencapai titik yang tidak bisa kembali lagi.
