Sinopsis Ninja Kamui: Tampaknya seorang pria biasa, Joe Logan menjalani kehidupan yang damai di pedesaan bersama istri dan anaknya. Namun, keluarga Logan sebenarnya menggunakan identitas palsu untuk melarikan diri dari masa lalu Joe sebagai ninja pembunuh yang menakutkan. Terlepas dari serangkaian pembunuhan besar-besaran terhadap mantan rekan-rekannya, Joe yakin bahwa kehidupan barunya aman—tetapi kebahagiaannya yang tenang segera hancur ketika keluarganya dibantai oleh anggota klan sebelumnya.
Ditinggal mati, Joe terbangun di rumah sakit, tidak yakin bagaimana dia bisa selamat dari luka yang seharusnya membunuhnya. Detektif polisi Emma Samanda dan Mike Moriss, yang ditugaskan untuk menyelidiki kematian keluarga Logan, menyaksikan upaya lain untuk membunuh Joe. Namun, kali ini Joe bersiap. Melepaskan teknik rahasia, dia dengan mudah mengalahkan musuh-musuhnya, melepaskan identitas barunya dalam prosesnya.
Dengan menerapkan cara-cara lamanya, Joe menyembunyikan dirinya dalam kepribadiannya yang dulu, memotong organisasi yang pernah dia layani atas nama balas dendam berdarah dingin. Dibantu dalam perburuannya oleh duo detektif, Joe tidak akan berhenti untuk membunuh masa lalunya dan iblis yang berasal darinya.
