Menyusul penutupan Sekolah Menengah Putri Uranohoshi, siswa tahun ketiga—Dia Kurosawa, Kanan Matsuura, dan Mari Ohara—baru saja lulus, meninggalkan Aqours hanya di tahun pertama dan kedua. Saat mencari tempat baru yang dapat digunakan oleh anggota yang tersisa untuk berlatih, mereka memutuskan untuk mengunjungi sekolah baru tempat mereka akan segera mendaftar. Namun, yang mengejutkan mereka, bangunan tersebut tampaknya ditinggalkan! Ternyata karena kekhawatiran dewan sekolah mengenai bagaimana siswa Uranohoshi yang baru dipindahkan dapat membebani klub, mereka malah dikirim ke sekolah cabang. Hal ini membuat Aqours memiliki tujuan baru—untuk membuktikan bahwa siswa Uranohoshi juga serius dalam klub mereka. Sementara itu, masalah lain muncul: siswa tahun ketiga tiba-tiba hilang selama perjalanan kelulusan mereka!
Cinta hidup! Cahaya matahari!! Film School Idol: Over the Rainbow berkisah tentang anggota Aqours yang tersisa saat mereka berusaha mencari senior mereka yang hilang dan, pada saat yang sama, mencoba mencari cara untuk mengubah pikiran sekolah baru.
