Setelah ditabrak truk pada tahun 2014, Akira Natsume terbangun dan mendapati dirinya berada di dalam mesin setelah koma selama 16 tahun. Saat ia menyesuaikan diri dengan antarmuka baru, ia disambut oleh petugas polisi Minami Uezono dan rekan androidnya Alma. Pasangan ini menunjukkan kepada Akira bahwa otaknya terkandung di dalam perangkat yang disebut EX-ARM—senjata pemusnah massal. Di atas kapal penyelundup musuh, ketiganya harus melarikan diri hanya dengan menggunakan kecerdikan dan keterampilan tempur mereka.
Meski awalnya enggan melawan, Akira segera mengingat kata-kata kakaknya sebelum kecelakaan itu. Ingatan tersebut menginspirasinya untuk mengambil tindakan, merasuki tubuh Alma untuk melawan lawannya menggunakan ilmu bela diri. Setelah Alma menyambungkannya ke salah satu pelabuhan kapal, dia menemukan potensi dahsyat dari EX-ARM miliknya dengan dengan mudah meretas dan mengambil alih kendali kapal.
Setelah tiba kembali dengan selamat di darat, Akira bertemu dengan anggota lain dari Tim Pencegahan Penanggulangan EX-ARM, sebuah divisi polisi yang bekerja untuk mengurangi dampak EX-ARM. Menyaksikan kekejaman yang dilakukan oleh mereka yang mencari kekuatan EX-ARM, dia memutuskan untuk bergabung dengan tim dan mengakhiri teror yang disebabkan oleh senjata tersebut.
