Pada tahun 2311 M, dunia yang tadinya penuh dengan konflik antarbenua kini berdiri bersatu, dipimpin oleh Earth Sphere Federation (ESF). ESF membentuk satuan tugas militer preventif yang dikenal sebagai A-Laws, yang menugaskan mereka untuk membubarkan organisasi teroris yang melakukan kekerasan. Ketika mereka mendapatkan lebih banyak otoritas hukum, A-Laws mulai memutarbalikkan hukum agar sesuai dengan agenda mereka, memerintah warga Bumi dengan berat.
Menanggapi perilaku fasis A-Laws, kelompok anti-teroris Celestial Being muncul kembali. Dipimpin oleh mobile suit canggih yang dikenal sebagai Gundam, pilot Celestial Being mengobarkan perang baru dengan A-Laws, yang bertujuan untuk menghentikan penyalahgunaan kekuasaan secara kejam.
Setsuna F. Seiei, pilot Gundam Exia, membantu memimpin serangan bersama rekan Gundam Meisters Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Namun dalam prosesnya, Setsuna menemukan plot konspirasi yang dipelopori oleh faksi baru, Inovator, dan harus menghadapi luka lama dan hantu masa lalunya untuk menyelamatkan dunia yang membencinya.
