Pada tahun Era Kosmik 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di seluruh galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak berubah yang tetap tinggal di planet Bumi. Kebencian mendalam kaum Natural terhadap para Koordinator mendorong makhluk-makhluk maju ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia.
Kira Yamato adalah Koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi kacau ketika ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Koordinator pemberontak, menyerang koloni dalam upaya mencuri satu set lima ponsel militer canggih pakaian yang dikenal sebagai Gundam.
Sementara ZAFT berhasil kabur dengan empat mobile suit, Kira mengambil kendali Gundam terakhir, Strike. Bertahan dalam pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan awak Archangel, sebuah kapal yang dijalankan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kerugian yang menyertainya.
