United Earth Sphere Alliance adalah organisasi militer kuat yang telah menguasai koloni Bumi dan luar angkasa dengan tangan besi selama beberapa dekade. Ketika koloni menyatakan penolakan mereka terhadap hal ini, pemimpin mereka dibunuh. Sekarang, di tahun Setelah Koloni 195, pemberontak kolonial yang sengit telah meluncurkan “Operasi Meteor”, mengirimkan lima mobile suit yang kuat ke Bumi untuk membalas dendam. Dibangun dari bahan yang hampir tidak bisa dihancurkan yang disebut Gundanium Alloy, “Gundam” ini memulai serangan terhadap Aliansi dan sub organisasinya OZ.
Salah satu Gundam, yang pilotnya mengambil nama pemimpin koloni yang terbunuh Heero Yuy, terpaksa melakukan pendaratan darurat ke laut setelah pertempuran atmosfer melawan pilot andalan OZ, Zechs Marquise. Sesampainya di darat, dia ditemukan oleh Relena Peacecraft, putri seorang politikus pencari perdamaian, yang menyaksikan turunnya Heero ke Bumi. Meski belum ada yang menyadarinya, pertemuan ini akan berdampak besar baik pada kehidupan mereka, maupun kehidupan di Bumi dan koloni luar angkasa.
