Dunia telah dilanda perang putus asa selama tiga dekade melawan BETA—spesies asing yang menginvasi planet ini pada tahun 1973. Di tengah kekacauan ini, seorang siswa sekolah menengah bernama Takeru Shirogane tiba-tiba terbangun dari mimpi buruk yang mengerikan di mana dia melihat umat manusia dalam kekalahan total. Segera setelah itu, dia menyadari bahwa mimpinya tidak lebih dari kenangan hidupnya di alam semesta alternatif. Dalam kenangan tersebut, proyek Alternatif V dilaksanakan, mengirimkan ratusan ribu orang ke luar angkasa sebagai upaya terakhir untuk melestarikan umat manusia, sementara miliaran orang lainnya di Bumi mengalami nasib yang kejam.
Berkeinginan untuk mengubah masa depan yang suram ini, Takeru bergabung dengan pangkalan militer di Yokohama, yang merupakan bekas sekolah menengahnya. Di sana, dia berhasil meyakinkan wakil komandan pangkalan dan pemimpin proyek Alternatif IV, Profesor Yuuko Kouzuki, untuk mencegah terjadinya Alternatif V. Untuk memastikan keberhasilan Alternatif IV, Takeru harus mengemudikan mesin humanoid raksasa Tactical Surface Fighters (TSF) bersama rekan-rekan tarunanya. Namun, ia hanya punya waktu dua bulan untuk menyelesaikan pelatihannya dan memanfaatkan sebagian pengetahuannya tentang masa depan—jika tidak terjadi tragedi berikutnya.
