Di masa depan, ketergantungan umat manusia terhadap bahan bakar fosil akan menyebabkan penipisan bahan bakar fosil, sebuah krisis energi yang belum pernah terjadi sebelumnya di dunia. Karena rasa takut dan dendam, umat manusia mulai berfokus pada sumber energi alternatif: tenaga surya. Berbagai negara telah bersatu untuk membentuk tiga faksi besar—Persatuan Energi Matahari dan Bangsa-Bangsa Bebas, Uni Eropa Maju, dan Liga Reformasi Manusia. Masing-masing sektor ini mempunyai akses terhadap pembangkit listrik tenaga surya, yang memberi mereka energi tanpa batas.
Akibatnya, negara-negara yang dulunya bergantung pada penjualan bahan bakar fosil kini jatuh ke dalam kemiskinan, yang menyebabkan peperangan dan pertikaian internal selama bertahun-tahun mengenai kendali energi surya. Di tengah kekacauan ini, sebuah organisasi paramiliter tak dikenal muncul yang mengidentifikasi diri mereka sebagai “Makhluk Surgawi”, bercita-cita untuk mengakhiri semua peperangan melalui intervensi bersenjata dengan menggunakan Mobile Suit misterius dan berteknologi maju yang dikenal sebagai Gundam.
Mobile Suit Gundam 00 mengikuti kisah Gundam Meisters Setsuna F. Seiei dari Celestial Being, Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Keempatnya terjun ke dalam pertempuran dahsyat antara tiga negara adidaya untuk mencapai tujuan mereka mengubah dunia.
