Seri kedua mengikuti peristiwa di video game kedua, dengan fokus pada benua Mu yang hilang. Peradaban kuno telah lenyap berabad-abad yang lalu, dan beberapa sisa-sisanya masih ada sebagai mitos dan legenda yang disebut UMA (makhluk hidup tak dikenal). UMA mulai bergabung dengan manusia untuk mencari harta karun Mu, oopart yang kuat, yang akan memberi mereka kekuatan untuk menghidupkan kembali Mu. Setelah Subaru dan War-Rock menghadapi beberapa musuh yang tidak biasa, mereka bertemu dengan seorang profesor bernama Dokter Orihime yang mengirim mereka dalam misi menemukan oopart dan menghentikan UMA. Dengan menggunakan ooparts, Rockman dapat mengambil bentuk baru, termasuk Thunder Berserk, Fire Dinosaur, dan Green Shinobi. (Sumber: Wikipedia)
