Pada akhir abad ke-19, ketika masa kejam periode Bakumatsu hampir berakhir, era Meiji baru menandai era restorasi bagi Jepang. Dengan berakhirnya perang, pahlawan terkenal Hitokiri Battousai menghilang begitu saja, hanya menyisakan legendanya.
Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara biasa bernama Kenshin Himura bertemu dengan Kaoru Kamiya, pemilik dojo lokal yang sedang berjuang di Tokyo. Kaoru mengejar Battousai yang memproklamirkan diri yang berkeliaran di jalanan, tanpa pandang bulu membunuh warga dan petugas polisi. Lebih jauh lagi, sang pejuang mengaku menggunakan Kamiya Kasshin-ryu—gaya pedang yang dikembangkan oleh ayah Kaoru yang berakar kuat pada esensi kehidupan, bukan kematian.
Kenshin memutuskan untuk membantu Kaoru menjatuhkan si penipu dan memulihkan dojo ayahnya. Tanpa diketahui semua orang, Kenshin tak lain adalah pejuang sejati yang namanya masih membuat takut masyarakat. Meskipun Kaoru akhirnya mengetahui kebenarannya, sumpahnya untuk menebus sejarah pembunuhannya dengan melindungi yang lemah tanpa darah menggerakkan hatinya, dan dia menyambut Kenshin untuk tinggal di dojo-nya. Namun, cita-cita Kenshin segera ditantang oleh hantu masa lalu dan musuh masa kini.
